法３２条の３
① 使用者は、就業規則その他これに準ずるものにより、その労働者に係る始業及び終業の時刻をその労働者の決定に委ねることとした労働者については、当該事業場の労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においてはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の過半数を代表する者との書面による協定により、次に掲げる事項を定めたときは、その協定で第２号の清算期間として定められた期間を平均し１週間当たりの労働時間が第３２条第１項の労働時間を超えない範囲内において、同条の規定にかかわらず、１週間において同項の労働時間又は１日において同条第２項の労働時間を超えて、労働させることができる。
一 この項の規定による労働時間により労働させることができることとされる労働者の範囲
二 清算期間（その期間を平均し１週間当たりの労働時間が第３２条第１項の労働時間を超えない範囲内において労働させる期間をいい、三箇月以内の期間に限るものとする。以下この条及び次条において同じ。）
三 清算期間における総労働時間
四 その他厚生労働省令で定める事項
② 清算期間が１箇月を超えるものである場合における前項の規定の適用については、同項各号列記以外の部分中「労働時間を超えない」とあるのは「労働時間を超えず、かつ、当該清算期間をその開始の日以後１箇月ごとに区分した各期間（最後に１箇月未満の期間を生じたときは、当該期間。以下この項において同じ。）ごとに当該各期間を平均し１週間当たりの労働時間が５０時間を超えない」と、「同項」とあるのは「同条第１項」とする。
③ １週間の所定労働日数が５日の労働者について第１項の規定により労働させる場合における同項の規定の適用については、同項各号列記以外の部分（前項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）中「第３２条第１項の労働時間」とあるのは「第３２条第１項の労働時間（当該事業場の労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においてはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の過半数を代表する者との書面による協定により、労働時間の限度について、当該清算期間における所定労働日数を同条第二項の労働時間に乗じて得た時間とする旨を定めたときは、当該清算期間における日数を７で除して得た数をもつてその時間を除して得た時間）」と、「同項」とあるのは「同条第１項」とする。
④ 前条第２項の規定は、第１項各号に掲げる事項を定めた協定について準用する。ただし、清算期間が１箇月以内のものであるときは、この限りでない。
法３２条の３の２
使用者が、清算期間が１箇月を超えるものであるときの当該清算期間中の前条第１項の規定により労働させた期間が当該清算期間より短い労働者について、当該労働させた期間を平均し１週間当たり４０間を超えて労働させた場合においては、その超えた時間（第３３条又は第３６条第１項の規定により延長し、又は休日に労働させた時間を除く。）の労働については、第３７条の規定の例により割増賃金を支払わなければならない。
制度趣旨
フレックスタイム制は、１日の労働時間の長さを固定的に定めず、一定の期間の総労働時間を定めておき、労働者はその総労働時間の範囲で各労働日の労働時間を自分で決め、その生活と業務との調和を図りながら、効率的に働くことができる制度。従来は清算期間は１箇月とされていたが、現在は３箇月以内とされている。
労使協定で定める項目
以下の項目を労使協定で定める必要がある。また、当該労使協定は清算期間が１箇月を超える場合には行政官庁（所轄労働基準監督署長）に届ける必要がある。
- 対象となる労働者の範囲
- 清算期間（３箇月以内の期間に限る）
- 清算期間における総労働時間
- その他厚生労働省令で定める事項
（１）標準となる一日の労働時間
（２）労働者が労働しなければならない時間帯を定める場合には、その時間帯の開始及び終了の時刻（コアタイム）
（３）労働者がその選択により労働することができる時間帯に制限を設ける場合には、その時間帯の開始及び終了の時刻（フレキシブルタイム）
（４）清算期間が１箇月を超えるものである場合にあつては、協定（労働協約による場合を除き、労使委員会の決議及び労働時間等設定改善委員会の決議を含む。）の有効期間の定め
就業規則で定める項目
フレックスタイム制を導入するにあたっては始業・終業の時刻に関する事項であるため、就業規則に規定する必要がある。（就業規則の絶対的必要記載事項に該当する）
時間外割増賃金の計算方法
使用者は、清算期間が１箇月を超える場合、各月の週平均５０時間を超える労働については法３７条に定める割増賃金をしなければならない。
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